基本的に、住宅ローンに関する保証会社の審査は申し込み者本人に対してだけ行なわれます。
ですので、あなた（ご主人）が住宅ローンの申し込みをする際は、たとえ奥さんに借り入れの事実があったとしても審査には関係ありません。
しかし！奥さまの収入も合わせて住宅ローンの申し込みをする場合は問題が出てきます。

同居する人間、親、子などに収入がある場合にはそれを合わせた総額を収入として計算することが可能な住宅ローン。
このことを収入合算と呼びます。

フラット35を扱っている住宅金融支援機構か民間金融機関かで収入合算の基準は大きく変わります。
しかし、どちらも収入を合算できる人は1人だけです。
フラット35を扱っている住宅金融支援機構の場合、収入合算する人の年収全額が適用されるという特徴があります。
しかし民間金融機関の収入合算の場合、年収の2分の1のみの適用・アルバイト・パートだと認めてもらえない等の障害が出てきます。

1人では返済負担率が高くなってしまったとき、負担額を抑えて希望額の融資が受けられることもある収入合算（借り入れ可能額が増えるため）ですが、奥さまが収入合算の対象になればあなた（ご主人）と同じ申込者と見なされますので、個人情報のチェックが細かく行なわれます。

銀行とご主人は債務契約というものを行い・奥さんは保証契約を結ぶことによりご主人の連帯保証人となる収入合算ですから奥さんに借金があると収入合算ができなくなります。
それだけでなく、家計の負担が増えると判断される・信用度が落ちるなどの問題もあり融資そのものが不可能になる事もあります。

夫婦二人で、共同の住宅ローンを組む方法としてペアローンというローンが近年人気を集めています。
ご主人・奥さまそれぞれが銀行と債務契約を結ぶことができるペアローンは、夫婦二人それぞれの収入に対応して住宅ローンを組むことが可能となっています。
ペアローンの場合、収入合算のような配偶者の2分の1までしか融資してもらえないといった障害もなくなります。
よって、借り入れ可能額は増える傾向にあります。

しかし、団体信用生命保険に夫婦二人でそれぞれ加入しなくてはならないというデメリットもあります。
結果、収入合算より支出が増えてしまいます。

また、ペアローンも収入合算と同様夫婦二人の個人情報がチェックされます。
そのため、クレジットカードや消費者金融からの借り入れはやはりNGと言えるでしょう。